Trilye’nin soru işaretleriyle dolu bir geçmişi var. Nadiren rastlanan kesin tarihlerin yanında Trilye tarihinin derinliklerinde olup biteni öğrenmeye çalışan için, sayısız rivayetle karşılaşmak neredeyse kaçınılmaz. Bu belirsizlik, belkide biraz, burada arkeolojik çalışma yapılmamış olmasından kaynaklanıyor. Oysa zeytinliğini sürerken ya da toprağını çapalarken gün ışığına çıkan tarihiyle ilgili sayısız hikaye dolaşıyor, Trilye halkının arasında Trilye’nin kuruluşundan Osmanlılar tarafından fethine dek Bizans kasabası olarak Rumların yaşadığı bir bölge olduğuna inanılıyor. Yerleşim hakkında el değiştirdiğine dair bir kaynak yok. Bazı rivayetlere göre beldede rumların yerleşmesinden çok önce Türkler vardır; Hatta bugün Fatih Camii olarak kullanılan yapı aslında kiliseye dönüştürülmeden önce de camiydi.
Hıristiyanlığın erken dönemlerinden başlayarak önem kazanan Trilye ve çevresi burada kurulan kiliselerde canlılığını uzun süre korur. Rum ve Ortodoks hıristiyanalemi için önem taşıyan bölge, özellikle 396 yılında yapılan İznik Konsülü sonrasında, bir anlaşmazlık sonucunda afaroz edilen üç papazın (Aya Yorgi, Aya Sotri, Aya Yani) buraya gelip yerleşmesinin ardından daha da önem kazanır. Papazlar buraya müritleriyle birlikte yerleşir.Onları, eğitim amacıyla gelenler izler ve bu sayı hızla artar. Nüfusun artışıyla birlikte yeni kilise ve manastırlara ihtiyaç duyulur. Trilye’de ki kiliselerin dini fonksiyonlarının yanı sıra Bizans sanatı tarihinde de büyük önemleri olduğu kabul edilir. Trilye’de Rumlardan kalma 7 kilise 3 manastır ve 3 ayazma (Kutsal Kaynak yada pınar) bulunuyor. Tarihte duvarlarına ilk kez resim yapılan kilise olarak kabul edilen "Kemerli Kilise" Trilye’de bulunmaktadır. Bugün yemekhane olarak adlandırılan kilise de Rumlar döneminde sanatsal etkinlikler yapılırdı. Zamanında Bursa ve çevresindeki en güzel sahneye sahip olduğu söylenmektedir. Ayrıca 1907’de tamamlanan ve 1988 yılına dek kullanılan bir okul ve Yavuz Sultan Selim zamanında bölgeye yerleştirilen Türklerin yaptırdığı hamam Trilye’nin önemli önemli tarihi eserleri olarak günümüze kadar ayakta kalabilmiş. Belde’ye karakterini veren Rum ve Türk evleri de sivil mimarlık örneği olarak göze çapıyor.